نظرًا لأن الوكالة الصومالية لإدارة الكوارث (SoDMA) يرأسها المفوض والمفوض المساعد، فإن لديها مجلس إدارة وأمينًا عامًا.

وتتكون الأمانة من 12 إدارة، ووحدتين (تطوير البرامج وتعميم مراعاة المنظور الجنساني)، والمركز الوطني لتنسيق الطوارئ (NEOC).